Iles de Paix est une association sans but lucratif, soumise aux règles qui régissent ce type d'association. Le document constitutif de l'association, les statuts, sont publiés au Moniteur belge et disponibles en PDF. Le texte des statuts définit les objectifs d'Iles de Paix et détermine le mode de fonctionnement des instances que sont l'Assemblée générale et le Conseil d'administration.
L'Assemblée générale
Elle comprend une trentaine de personnes. Ces membres bénévoles ont un parcours personnel et professionnel en lien avec l'objet social d'Iles de Paix. L'Assemblée générale se réunit au moins deux fois par an. Elle analyse et approuve les comptes, le budget, le programme d'activités. L'Assemblée définit les grandes orientations stratégiques et élit les membres du Conseil d'administration.
Le Conseil d'administration
Il compte sept membres. Ils se réunissent une dizaine de fois par an. Le mandat du Conseil d'administration est de concrétiser les orientations stratégiques prises par l'Assemblée générale. Le Conseil est organiquement responsable de la gestion générale de l'association et du travail de l'équipe permanente. Le Conseil délègue la gestion journalière de l'association au secrétaire général.